Reanotação de dados transcriptômicos publicamente disponíveis revela redes regulatórias mediadas por lncRNA em rabdomiossarcoma = Reannotation of publicly available transcriptomic data reveals lncRNA-mediated regulatory networks in rhabdomyosarcoma

Abstract

Resumo: Rabdomiossarcoma (RMS), o sarcoma de partes moles pediátrico mais comum, inclui dois subtipos principais, embrionário (eRMS) e alveolar (aRMS), com características moleculares e clínicas distintas. Embora processos celulares subjacentes ao RMS e as diferenças entre tumores PAX3-FOXO1 positivos e negativos sejam bem estudados, a contribuição dos RNAs longos não codificadores (lncRNAs) permanece pouco compreendida. Neste trabalho reanotamos conjuntos de dados de microarranjos públicos para perfilar de forma abrangente a expressão de lncRNAs e reconstruir redes regulatórias lncRNA–miRNA–mRNA em RMS. Identificamos vários lncRNAs com expressão diferencial específica por subtipo, incluindo HOTAIR como possível esponja de miR-206, DSCR8 de miR-885-5p e PRKCQ-AS1 de miR-515-5p em eRMS. H19, um lncRNA com funções oncogênicas e supressoras, apresentou redução de expressão em eRMS, sugerindo que mecanismos regulatórios alternativos, além de seu papel clássico como esponja, podem contribuir para a progressão tumoral; adicionalmente, H19 pode impactar a diferenciação muscular por atuar como precursor de miR-675. MIR1-1HG exibiu redução consistente, indicando possível efeito sobre os miRNAs que hospeda, enquanto MEG3, frequentemente reduzido em outros cânceres, mostrou-se aumentado em RMS, condizente com programas de diferenciação muscular. Outros lncRNAs identificados têm sido associados a diversos cânceres, sugerindo relevância mais ampla para a patogênese do RMS. A validação pela plataforma St. Jude Cloud PeCan confirmou assinaturas distintas de expressão de lncRNAs entre subtipos de RMS e outros tumores sólidos pediátricos, apoiando a regulação específica por subtipo. Esses achados destacam a importância da interação entre RNAs não codificadores no RMS e fornecem base para estudos futuros que explorem lncRNAs como biomarcadores diagnósticos ou alvos terapêuticos

Abstract: Rhabdomyosarcoma (RMS), the most common pediatric soft tissue sarcoma, includes two main subtypes, embryonal (eRMS) and alveolar (aRMS), with distinct molecular and clinical characteristics. Although cellular processes underlying RMS and differences between PAX3-FOXO1 fusion-positive and fusion-negative tumors are well studied, the contribution of long noncoding RNAs (lncRNAs) remains poorly understood. Here, we reannotated publicly available microarray datasets to comprehensively profile lncRNA expression and reconstruct lncRNA–miRNA–mRNA regulatory networks in RMS. We identified several lncRNAs with subtype-specific differential expression, including HOTAIR as a potential sponge for miR-206, DSCR8 for miR-885-5p, and PRKCQ-AS1 for miR-515-5p in eRMS. H19, a lncRNA with dual oncogenic and tumor-suppressive functions, was down-regulated in eRMS, suggesting that alternative regulatory mechanisms, beyond its classical sponge role may contribute to tumor progression; additionally, H19 may impact muscle differentiation through its role as a miR-675 precursor. MIR1-1HG exhibited consistent down-regulation, indicating a potential effect on the miRNAs it hosts, whereas MEG3, commonly down-regulated in other cancers, was up-regulated in RMS, consistent with muscle-specific differentiation programs. Other identified lncRNAs have been associated with diverse cancers, suggesting broader relevance to RMS pathogenesis. Validation using the St. Jude Cloud PeCan platform confirmed distinct lncRNA expression signatures across RMS subtypes and other pediatric solid tumors, supporting subtype-specific regulation. These findings highlight the importance of noncoding RNA interplay in RMS and provide a foundation for future studies exploring lncRNAs as diagnostic biomarkers or therapeutic targets