Investigação de polimorfismos de nucleotídeo único em RNAs longos não-codificantes associados à leucemia linfoide aguda infantil

Abstract

Resumo : Dentre os cânceres infantojuvenis, a leucemia é a neoplasia que mais acomete crianças e adolescentes no Brasil e no mundo. Ela pode ser classificada em quatro subtipos primários, dependendo do estado de maturação da célula cancerosa na medula óssea, sendo a leucemia linfoide aguda (LLA) o subtipo mais comum na idade pediátrica. Sabe-se que genes que codificam proteínas com funções de supressores tumorais e oncogenes têm papel fundamental na tumorigênese, mas recentes estudos têm ampliado o leque de moléculas que participam desse processo. Uma delas são os RNAs longos não codificantes (lncRNAs): transcritos de RNA maiores que 500 pares de base e sem informação para codificar proteínas. Eles fazem parte dos 98% do genoma não-codificante humano, e é exponencial a descoberta de novas variantes nessas moléculas associadas ao câncer. Devido a isso, e à carência de estudos de associação dessas moléculas com leucemia infantil na população brasileira, o presente estudo tem o objetivo de investigar polimorfismos associados à leucemia linfoide aguda (LLA). Para isso, foram selecionadas associações de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) à LLA pediátrica já registradas em bases de dados de GWAS (estudos de associação genômica ampla), com base no filtro de odds-ratio > 1,2 e frequência do alelo menor > 0,05. Ao todo, 12 SNPs foram selecionados: rs7156960, rs630663, rs7738636, rs10018622, rs11155133, rs9290663, rs75777619, rs28665337, rs4617118, rs2069426, rs10170236 e rs11978267. Como bons candidatos para futuros estudos funcionais, duas regiões genômicas foram detalhadamente estudadas: CDKN2B-AS1 (rs2069426) e KCNMB2-AS1 (rs9290663). Para cada uma, foram desenhados primers alelo específicos e, após a padronização das reações em cadeia da polimerase (PCRs), foi verificada a presença das variantes por sequenciamento de Sanger. As amostras caso consistiram em DNA extraído da fase leucocitária do sangue coletado de pacientes de 0-19 anos com leucemia, tratados no Hospital Oncopediátrico Erastinho. Já as amostras controle provieram de indivíduos saudáveis sem histórico familiar de câncer hereditário, armazenadas no Laboratório de Citogenética Humana e Oncogenética (LabCHO) da Universidade Federal do Paraná. Estudos como esse ampliam nossa compreensão sobre o papel dos lncRNAs na leucemia pediátrica, contribuindo para uma lacuna crucial na pesquisa oncológica

Abstract : Among childhood cancers, leukemia is the neoplasm that most affects children and teenagers in Brazil and worldwide. It can be classified into four primary subtypes, depending on the state of maturation of the cancerous cell in the bone marrow, with the acute lymphoblastic leukemia (ALL) being the most common subtype in the pediatric age group. It is known that genes encoding proteins with tumor suppressor functions and oncogenes play a crucial role in tumorigenesis. However, recent studies have expanded the range of molecules involved in this process. One example are the long non-coding RNAs (lncRNAs): RNA transcripts larger than 500 base pairs with no information for encoding proteins. They constitute part of the 98% of the non-coding human genome, and the discovery of new variants in these molecules associated with cancer is exponentially increasing. Due to this, and the lack of studies associating these molecules with childhood leukemia in the Brazilian population, the present study aims to investigate polymorphisms in lncRNAs associated with acute lymphoblastic leukemia (ALL). For this purpose, associations of single nucleotide polymorphisms (SNPs) with pediatric ALL already registered in genome-wide association studies (GWAS) databases were selected based on an odds ratio filter > 1.2 and minor allele frequency > 0.05. In total, 12 SNPs were selected: rs7156960, rs630663, rs7738636, rs10018622, rs11155133, rs9290663, rs75777619, rs28665337, rs4617118, rs2069426, rs10170236, and rs11978267. As promising candidates for future functional studies, two genomic regions were thoroughly examined: CDKN2B-AS1 (rs2069426) and KCNMB2-AS1 (rs9290663). For each region, allele-specific primers were designed, and after standardizing polymerase chain reaction (PCR) reactions, the presence of variants was confirmed by Sanger sequencing. The case samples consisted of DNA extracted from the leukocyte phase of blood collected from patients aged 0-19 years with leukemia, treated at the Pediatric Oncology Hospital Erastinho. The control samples were derived from healthy individuals without a family history of hereditary cancer, stored in the Laboratory of Human Cytogenetics and Oncogenetics (LabCHO) at the Federal University of Paraná. Studies like this enhance our understanding of the role of lncRNAs in pediatric leukemia, contributing to a crucial gap in oncological research