Isolamento e caracterização de retroelementos do clado TX1 no genoma de Pipa carvalhoi (Pipidae: Anura)

Abstract

Resumo : Os eucariotos possuem em seu genoma sequências de DNA repetitivo, sendo os elementos transponíveis um grupo de DNAs repetitivos dispersos no genoma. Os elementos transponíveis são sequências de DNA que possuem a capacidade de se mover de um local para outro no genoma e são uma importante fonte para a variabilidade genética e evolução nos genomas. O objetivo do presente trabalho foi isolar e caracterizar o retroelemento Rex 6 no genoma de Pipa carvalhoi para melhor compreensão de sua estrutura molecular e organização genômica. Para isso, amostras de DNA de P. carvalhoi foram utilizadas para amplificar fragmentos do retroelemento Rex6 e, em seguida, esses fragmentos foram clonados e sequenciados. Após o sequenciamento, foi obtido um fragmento de 592pb que a partir de buscas em bancos de dados, recuperam homologia com cópias do elemento não-LTR TX1 de X. tropicalis (L1-56_XT). Nossos dados corroboram com trabalhos anteriores no qual reforçam que os elementos até então denominado de Rex6, na verdade são pertencentes do clado TX1 da ordem LINE. A busca por domínios conservados na sequência encontrou a região codificante da transcriptase reversa deste elemento, no entanto, observamos a presença de um stop-codón prematuro no meio de sua sequência, identificando uma cópia não autônoma deste elemento no genoma

Abstract : The eukaryotes have in their genome sequence of DNA repetitive, being transposable elements a group of DNAs repetitives dispersed in the genome. The elements transposable are DNA sequence that have the ability to move from one place to another in the genome and are an importante source for genetic variability and evolution of genomes. The purpose of this work went to isolate and characterize the retroelment Rex6 in the genome of Pipa carvalhoi for better understanding of its molecular estructure and genomic organization. For this, DNA samples from P. carvalhoi were used to amplify fragments of retroelement Rex6 and, then these fragments were cloned and sequenced. After the sequenced, a fragment was obtained of 592pb that from searches in databases, retrieve homology copies of elements non LTR TX1 of X. tropicalis (L1-56_XT). Our data reinforce previous works in which they reinforce that the elements so far called Rex6, actually belong to the clade TX1 from de order LINE. The domain searche conserved in the sequence found the coding region of the reverse transcriptase of this element, however we observed the presence of a premature stop códon in the middle of its sequence, indifying non-automous copy of this element in the genome