O compartilhamento de elementos ultra conservados em Metazoa

Abstract

Resumo : O presente trabalho busca estimar a quantidade e o tamanho de Elementos Ultra Conservados (UCEs) em relação à distância entre os genomas de 95 representantes de Metazoa. Os UCEs foram identificados previamente e definidos como sequências com no mínimo 200 pares de bases (pb) e 100% de similaridade compartilhados entre os genomas de humanos, camundongos e ratos. A origem dessa conservação ainda é uma questão a ser solucionada, porém em função do alto grau de compartilhamento em determinadas espécies há autores que defendem a essencialidade dessas sequências para a viabilidade dos organismos. Além disso, os UCEs e suas regiões flanqueadoras têm sido úteis como âncoras para marcadores moleculares para inferência filogenética entre classes/ordens e também a nível de espécie; foram relacionados com o processamento de RNA e regulação da transcrição em genes ligados ao desenvolvimento. Sendo assim, esta pesquisa buscou estimar a quantidade de UCEs e sua relação com a distância entre os genomas. Para a detecção e contagem de UCEs foram utilizados scripts personalizados, e para o cálculo da disparidade entre genomas foram utilizados os programas BinDash e KSSD. Sendo assim, o trabalho foi capaz de refutar os resultados de Ryu et al. (2012), o qual encontrou uma expressiva quantidade de UCEs compartilhados entre táxons muito díspares na escala evolutiva. Portanto, os nossos dados sugerem que a distância entre os genomas é um dos fatores que influencia na conservação das sequências compartilhadas entre os diferentes genomas

Abstract : The present work seeks to estimate the quantity and size of Ultra Conserved Elements (UCEs) in relation to the distance between the genomes of 95 representatives of Metazoa. The UCEs were identified and defined as sequences with at least 200 base pairs (bp) and 100% shared similarity between the genomes of humans, mice and rats. The origin of this conservation is still an issue to be solved, however, due to the high degree of sharing in certain species, there are authors who defend the essentiality of these sequences for the viability of organisms. In addition, the UCEs and their flanking regions have been useful as anchors for molecular markers for phylogenetic inference between classes / orders and also at the species level; were related to RNA processing and regulation of transcription in genes linked to development. Therefore, this research sought to estimate the number of UCEs and their relationship with the distance between the genomes. For the detection and counting of UCEs, custom scripts were used, and for the calculation of the disparity between genomes, BinDash and KSSD programs were used. Thus, the work was able to refute the results of Ryu et al. (2012), who found a significant number of UCEs shared among taxa that are very different in the evolutionary scale. Therefore, our data shows that the distance between the genomes is one of the factors that influences the conservation of the shared sequences between the different genomes