Análise e agrupamento de receptores de célula T : uso de métricas de distância com foco nas regiões CDR3

Abstract

Resumo : Os receptores de células T (TCRs) desempenham um papel fundamental na resposta imunológica, reconhecendo antígenos apresentados por moléculas de MHC e contribuindo para a defesa imunológica adaptativa. Compreender a diversidade e especificidade antigênica dos TCRs é essencial para avanços na pesquisa e em terapias baseadas em células T. Embora a maioria dos estudos se concentre na área de aprendizado de máquina para predição da especificidade dos TCRs, essa abordagem, além de ser de difícil implementação, pode ser substituída por abordagens embasadas em análise de sequências. Este trabalho propôs uma metodologia baseada em alinhamento global, transformação de pontuações de alinhamento em métricas de distância e clusterização hierárquica para analisar sequências de TCRs do IEDB, com foco na região CDR3. Aqui mostramos que o uso da matriz de substituição BLOSUM62 para alinhamento global e a subsequente transformação de seu resultado para uma métrica de distância resultaram em um agrupamento eficaz de sequências de TCR, evidenciando a capacidade de separá-las por sua especificidade antigênica a um patógeno específico. Embora o estudo tenha limitações quanto ao número de sequências e patógenos analisados, os resultados indicam que a metodologia baseada em métricas de distância pode ser uma ferramenta promissora para a análise de TCRs. Em futuros estudos, a ampliação do número de amostras e a inclusão de uma maior diversidade de patógenos poderão aprofundar a compreensão sobre a organização dos TCRs em relação à sua especificidade antigênica