Padronização de PCR Alelo específica para análise de SNPS em RNAS longos não codificantes associados a Leucemia Linfoide Aguda
Resumo
Resumo : As leucemias são neoplasias de células hematopoiéticas caracterizadas pelo acúmulo de células transformadas na medula óssea, que substituem as células normais sanguíneas. São caracterizadas de acordo com a sua linhagem precursora e o grau de maturação das suas células, sendo divididas em mieloide ou linfoide, e aguda ou crônica, respectivamente. Uma vez que a leucemia linfoide aguda, ou LLA, é o tipo mais comum de câncer infantil, e tem por característica variações moleculares significativas, estudos que busquem uma melhor compreensão da base genética dessa doença são de extrema relevância. Assim, os RNAs longos não codificantes (lncRNAs), transcritos de mais de 200 nucleotídeos de tamanho, conhecidos por seu padrão de expressão tecido-específico, são um importante objeto de estudo, visto que a desregulação da sua expressão ou mutação já vem sendo associada a inúmeras doenças humanas, incluindo diferentes tipos de tumores malignos. Dessa maneira, a avaliação dos lncRNAs e seus polimorfismos são promissores para a descoberta de novas associações relacionadas ao desenvolvimento da LLA. Uma ferramenta que vem auxiliando, nesse sentido, para a identificação de variantes genéticas associadas a fenótipos em amostras populacionais são os estudos de associação genômica ampla (do inglês, Genome-wide Association Study- GWAS). Nesses estudos, milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) associados a risco são identificados, principalmente em regiões não codificantes do genoma. No entanto, dado que as regiões codificantes são mais conhecidas e apresentam funções mais bem caracterizadas, a maioria dos trabalhos focam sua atenção nessas moléculas, ficando os SNPs mapeados em lncRNAs pouco explorados. Assim, o presente trabalho objetiva identificar SNPs em lncRNAs associados com LLA, em GWAS, e padronizar uma reação em cadeia da polimerase alelo específica para duas regiões selecionadas. Para tal, através da análise de dados de associação genética relacionados a LLA, obtidos na plataforma GWAS Catalog, obtivemos 12 variantes em 10 lncRNAs, no qual os SNPs rs75777619, no CCDC26, e rs9290663 do lncRNA KCNMB2-AS1 foram selecionados para o desenho de primers e otimização da PCR alelo-específica. Após a testagem de diferentes temperaturas de pareamento de primers, o SNP da região lncRNA CCDC26 foi padronizado com 67ºC e para o lncRNA KCNMB2-AS1, a temperatura ideal de pareamento foi de 63ºC, sendo possível padronizar a reação dos dois lncRNAs selecionados em PCR convencional, e análise por eletroforese em gel de agarose. Desse modo, com os resultados do presente trabalho, concluímos que será possível realizar uma análise caso-controle com pacientes que já desenvolveram LLA e foram atendidos pelo hospital Erasto Gaertner, Curitiba-PR, visando-se uma melhor compreensão da base genética dessa doença na população brasileira.