Sequenciamento parcial do Replicon pAZ6 de Azospirillum brasilense FP2

Abstract

Resumo: A organização genômica das alfa-proteobactérias é altamente variável e geralmente muito complexa. O genoma da rizobactéria A. brasilense é composto de vários replicons variando de 100 a 3000 kb. Quatro destes replicons hibridizam com a sonda do gene 16S rDNA, sugerindo que A. brasilense possui vários cromossomos. O perfil eletroforético em campo pulsado do DNA intacto de Azospirillum brasilense estirpe FP2 obtido neste trabalho revelou dois novos replicons (de 745 e 785 kb), que não haviam sido descritos anteriormente, sugerindo que o tamanho genoma do Azospirillum brasilense estirpe FP2 é de aproximadamente 8,2 Mpb. O replicon de 630 Kb, denominado pAZ6, de A. brasilense é o menor da estirpe FP2 que hibridiza com a sonda do gene 16S rDNA. Neste estudo foi realizado o seqüenciamento parcial deste replicon. O pAZ6 foi isolado e purificado por eletroforese em campo pulsado utilizando o sistema CHEF-DRIII (Bio-Rad) e, posteriormente, o DNA extraído do gel de agarose foi amplificado usando o sistema TempliPhi (Amersham Biosciences), uma técnica não-PCR. O DNA amplificado foi utilizado para construir uma biblioteca genômica no vetor pCR4Blunt-TOPO. Os plasmídeos (1858) foram seqüenciados e as leituras de seqüências montadas em contíguos pelos programas PHRED/PHRAP e, em seguida, os contíguos formados foram analisados utilizando os programas FramePlot e BlastP. Os resultados revelaram que o replicon pAZ6 apresenta genes envolvidos em processos biossintéticos (parede celular, de vitamina BI2, lipídeos e nucleotídeos), metabolismo de piruvato, produção de energia, degradação de aminoácidos, metabolismo de carboidratos e de lipídeos, regulação transcricional, metabolismo nitrogenado, transporte de solutos e quimiotaxia. A categoria funcional mais representada entre os prováveis produtos gênicos do replicon foi a de transportadores. Os resultados sugerem fortemente que o replicon pAZ6 é parte essencial do genoma de A. brasilense estirpe FP2.