Estratégias de finalização da montagem do genoma da Bactéria Diazotrófica Endofítica Herbaspirillum Seropedicae SmR1

Abstract

Resumo: Herbaspirillum seropedicae SmR1 e Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 são bactérias diazotróficas endofíticas associadas a diversos grupos de plantas, principalmente gramíneas de importância agrícola. Neste trabalho foram utilizadas diferentes estratégias visando o fechamento do genoma do H. seropedicae estirpe SmR1. O genoma completo do H. seropedicae SmR1 finalizado contem 5.513.887 pb e 63,4%G+C . Foram identificados 4.737 genes compreendendo 88% do genoma, 55 tRNAS e três operons de RNA ribossomais. Os padrões de fragmentação in silico do DNA genômico do H. seropedicae em sítios de restrição específicos concordaram com análises por eletroforese em campo pulsado (PFGE), apoiando a ordenação da sequência genômica obtida. A sequência parcial do genoma do H. rubrisubalbicans analisado apresenta 3.291.242 pb, e um conteúdo GC de 61,3%, distribuídos em 2.703 sequências contíguas. A anotação deste genoma foi realizada com base em análises comparativas, utilizando o genoma de H. seropedicae como referência. Foram identificados 1.569 genes, 10 tRNAS e 1 operon de RNA ribossomal. Os produtos de tradução dos genes de ambos os genomas foram classificados em categorias funcionais de acordo com o banco de dados COG. A análise de códon mostrou uma forte tendência no uso de códons sinônimos contendo G e C na terceira base, refletindo o ao alto conteúdo de GC no genoma de H. seropedicae. Finalmente, os aminoácidos glicina, alanina e valina apresentam as maiores freqüências nas proteínas codificadas pelo genoma de H. seropedicae.