Caracterização e análise filogenética molecular de novos isolados fixadores de nitrogênio

Abstract

Resumo: Bactérias diazotróficas isoladas de bananeira e abacaxizeiro, nos estados da Bahia e Rio de Janeiro, foram avaliados quanto ao grau de parentesco com estirpes referência de diversas bactérias fixadoras de nitrogênio. Análises prévias destes isolados, com base em dados morfológicos, fisiológicos e bioquímicos, permitiram separá-los em alguns grupos com semelhanças a espécies de Herbaspirillum seropedicae, Herbaspirillum rubrisubalbicans, Herbaspirillum sp., Burkholderia sp. e um grupo independente, sem semelhança aparente aos gêneros estudados. A caracterização molecular baseada na homologia do gene para o RN A ribossomal de 16S (16S rDNA) e região intergênica dos genes para os RNAs ribossomais de 16S e 23S (região intergênica 16S-23S rDNA) foi realizada no presente trabalho a partir das técnicas de Polimorfismo de Fragmentos de Comprimento Aleatório amplificados (PCR-RFLP), aplicada ao 16S rDNA e 16S-23S rDNA e sequenciamento de DNA, aplicada ao 16S rDNA. Trinta e oito isolados foram divididos em quatro grupos identificados entre os gêneros Herbaspirillum e Burkholderia e oito grupos não identificados por PCRRFLP. Análise de homologia e filogenética das sequencias de 16S rDNA, confirmaram a análise anterior e posicionou sete dos grupos não identificados entre os gêneros Burkholderia, Azospirillum e Ochrobactrum e um grupo entre a família das C omamonadaceas.

Abstract: Diazotrophic bacteria isolated from banana trees and pineapple plants, from Bahia and Rio de Janeiro states were compared with reference strains of nitrogen-fixing bacteria. Previous analysis of these isolates, based on morphological, physiological, and biochemical data grouped them with Herbaspirillum seropedicae, Herbaspirillum rubrisubalbicans, Herbaspirillum sp., Burkholderia sp., and an unidentified group. Molecular characterization based on the homology of the 16S ribosomal RNA gene (16S rDNA) and the intergenic region of 16S and 23S ribosomal RNA genes (16S-23S rDNA intergenic region) was carried out in the present work by Restriction Fragment Length Polymorphism of amplified DNA (PCR-RFLP), applied to the 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic region and DNA sequencing of the 16S rDNA. Thirty eight (38) isolates were divided into four groups identified in the Herbaspirillum and Burkholderia genus and eight unidentified groups by PCR-RFLP techniques. Homology and phylogenetic analysis from 16S rDNA sequences confirmed the previous results and placed seven (7) of the unidentified groups into Burkholderia, Azospirillum and Ochrobactrum genera and one (1) into the Comamonadaceae family.