Análise transcriptômica da bactéria Azospirillum brasilense FP2 e reanotação do genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1

Abstract

Resumo: Herbaspirillum seropedicae e Azospirillum brasilense são bactérias fixadoras de Nitrogênio, encontradas associadas à plantas de interesse agrícola e econômico para o país, como milho, arroz e trigo. São bactérias promotoras do crescimento vegetal, sendo utilizadas como biofertilizantes. Na primeira parte deste trabalho A. brasilense FP2 teve seu genoma montado novamente, reanotado e utilizado para o mapeamento dos resultados de RNA-Seq de Azospirillum brasilense cultivado em condições de fixação de nitrogênio. Os genes expressos diferencialmente foram identificados. Com esses dados obteve-se o panorama metabólico de FP2 crescida em condições de fixação de Nitrogênio. Foi possível comparar os resultados de A. brasilense com outras espécies fixadoras de Nitrogênio, em que se destaca a repressão da Montagem Flagelar em A. brasilense. Na segunda parte deste trabalho, o genoma de H. seropedicae SmR1 foi reanotado, utilizando dados de RNA-Seq. Identificamos 309 genes novos e atualizamos as classes funcionais dos genes. Também foi possível identificar 901 operons no genoma.

Abstract: Azospirillum brasilense and Herbaspirillum seropedicae are diazotrophic bacteria, living associated with plants of agricultural and economic interest to the country, such as corn, rice and wheat. They are bacteria that promote plant growth and are used as biofertilizers. In the first part of this work A. brasilense FP2 had its genome re-assembled, reanoted and used for the mapping of the RNA-Seq results of Azospirillum brasilense cultivated under nitrogen fixation conditions. Differentially expressed genes were identified. With these data we obtained the metabolic panorama of FP2 grown under Nitrogen fixation conditions. It was possible to compare the results of A. brasilense with other Nitrogen fixing species, in which the repression of the Flagellar Assembly in A. brasilense is highlighted. In the second part of this work, the genome of H. seropedicae SmR1 was reanoted, using RNA-Seq data. We identified 309 new genes and upgraded the functional classes of the genes. It was also possible to identify 901 operons in the genome.