Comparação de saliva e lavado bucal com swab de nasofaringe para detecção de Sars-CoV-2

Abstract

Resumo: Um novo Coronavírus rompeu a barreira de infecção espécie-especifica e foi capaz de infectar humanos sendo os primeiros casos reportados no final de 2019. Esse vírus foi denominado SARS-CoV-2, o qual atinge as vias respiratórias e apresenta uma alta capacidade de transmissão através de gotículas do trato respiratório, mesmo em casos assintomáticos. A doença causada por esse vírus, a COVID-19, tornou-se um problema de saúde grave e adquiriu o status de pandemia em março de 2020 pela Organização Mundial de Saúde (OMS), apresentando uma taxa global de mortalidade de aproximadamente 2% no período antes da vacinação. Para o diagnóstico de vírus respiratórios, é necessária à coleta de material biológico do trato respiratório. A amostra obtida através do swab combinado de naso e orofaringe (SNO) é considerada o padrão ouro para detecção do SARS-CoV-2. Devido à pandemia, as coletas aumentaram consubstancialmente ocasionando escassez de insumos que levou à adequação da coleta com o swab para a obtenção de material proveniente apenas da nasofaringe (SN). Tal dificuldade de insumos incentivou a busca por métodos de coleta alternativos. Amostras de saliva e lavado bucal foram testadas para o diagnóstico de vírus respiratórios, inclusive o SARS-CoV-2, demonstrando bons resultados em testes comparativos. O teste diagnóstico padrão ouro para COVID-19 é a transcrição reversa seguida de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) com alvos específicos do genoma do SARS-CoV-2. Diante disto, foi realizada a coleta pareada de amostras de SN, saliva e lavado bucal de 229 funcionários do Complexo Hospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná (CHC-UFPR) com suspeita de infecção por SARS-CoV-2. A comparação dos resultados da detecção do SARS-CoV-2 por RT-PCR foi feita entre amostras de SN, saliva e lavado bucal para determinar a sensibilidade, especificidade e acurácia. De acordo com os resultados obtidos neste estudo nas amostras de SN foram observados 41 casos, considerados como positivos verdadeiros, entre os 229 funcionários do CHC-UFPR que participaram do estudo. Desses 41 positivos verdadeiros, foram positivos também em 36 (87.8%) casos na amostra de saliva e 33 (80.5%) na amostra de lavado bucal. A concordância, estimada pelo coeficiente Kappa, foi de 0,89 na comparação das amostras SN x saliva, 0,84 SN x lavado bucal e 0,92 saliva x lavado bucal. Além disso foram apresentados entre as amostras de saliva e de lavado bucal os resultados de especificidade e acurácia semelhantes, mas as amostras de saliva obtiveram maior sensibilidade do que as amostras de lavado bucal. Em conclusão, as amostras de saliva podem ser consideradas uma fonte de amostra confiável para detecção de RNA de SARS-CoV-2, com desempenho comparável ao SN e superior ao lavado bucal, em amostras de voluntários com indicativo de coleta para diagnóstico da COVID-19.

Abstract: A new coronavirus broke the species-specific infection barrier and was able to infect humans, with the first cases reported at the end of 2019. This virus was called SARSCoV-2, which affects the respiratory tract and has a high transmission capacity through droplets from the respiratory tract, even in asymptomatic cases. The disease caused by this virus, COVID-19, has become a serious health problem and acquired pandemic status in March 2020 by the World Health Organization (WHO), with a global mortality rate of approximately 2% in the period before the vacination. For the diagnosis of respiratory viruses, it is necessary to collect biological material from the respiratory tract. The sample obtained by combined naso-oropharyngeal swab (NOS) is considered the gold standart for detecting SARS-CoV-2. Due to the pandemic, collections increased substantially, causing a shortage of supplies that led to the adequacy of collection with the swab for obtaining material only from the nasopharynx (SN). Such difficulty of inputs encouraged the search for alternative collection methods. Saliva and gargle samples were tested for the diagnosis of respiratory viruses, including SARS-CoV-2, showing good results in comparative tests. The gold standard diagnostic test for COVID-19 is reverse transcription followed by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) with specific targets from the SARS-CoV-2 genome. A paired collection of samples of NS, saliva and gargle was carried out from 229 employees of the Complexo Hospital de Clínicas of the Universidade Federal do Paraná (CHCUFPR) with suspected SARS-CoV-2 infection. Comparison of the results of detection of SARS-CoV-2 by RT-PCR was performed between samples of SN, saliva and gargle to determine sensitivity, specificity and accuracy. According to the results obtained in this study in the samples of SN, 41 cases were observed, considered as true positives, among the 229 employees of the CHC-UFPR who participated in the study. Of these 41 true positives, they were also positive in 36 (87.8%) cases in the saliva sample and 33 (80.5%) in the gargle sample. The agreement, estimated by the Kappa coefficient, was 0.89 when comparing samples SN x saliva, 0.84 SN x gargle and 0.92 saliva x gargle. In addition, similar specificity and accuracy results were presented between saliva and gargle samples, but saliva samples obtained greater sensitivity than gargle samples. In conclusion, saliva samples can be considered a reliable source for the detection of SARS-CoV-2 RNA, with performance comparable to SN and superior to gargle, in samples from volunteers with indication of collection for diagnosis of COVID19.