Estudo filogenético do gene RAPH1

Abstract

Resumo: Foram analisadas árvores filogenéticas construídas com base em 53 sequências de DNA e 53 sequências de aminoácidos, correspondentes ao gene RAPH1, de 48 diferentes espécies de animais, incluindo nematódeo, peixes, anfíbio, réptil, mamíferos e aves. Foram construídas árvores com as sequências inteiras e com segmentos delas correspondentes aos domínios proteicos GM, RA, PH e EVH1 e aos sítios de ligação de proteínas que a compõem. Foram utilizados métodos de construção de filogenia baseados em distância, na Máxima Parcimônia e na Máxima Verossimilhança. Em algumas espécies de peixe o gene RAPH1 (Ras association (RalGDS/AF-6) and pleckstrin homology domains 1) apresenta-se duplicado, com duas formas semelhantes, porém não idênticas. Esta análise, que incluiu os genes de cinco espécies, deixou evidente que os dez genes se reúnem, por semelhança, nitidamente em dois grupos, cada um dos quais incluindo cinco genes, um de cada uma das cinco espécies, o que sugere que a duplicação do gene tenha ocorrido em época anterior aos momentos de especiação que separaram as cinco espécies. A análise evidencia, também, que genes de espécies que apresentam cópia única, entre alguns peixes, anfíbio, réptil, aves e mamíferos, são, todos eles, mais estreitamente aparentados com apenas um destes dois grupos. Isto deixou evidente que a duplicação do gene RAPH1 ocorreu em um ancestral comum a todas as espécies analisadas e não em um ancestral comum às espécies que apresentam dois genes RAPH1.

Abstract: Phylogenetic trees constructed based on 53 DNA sequences and 53 amino acid sequences, corresponding to the RAPH1 gene, from 48 different animal species, including nematodes, fish, amphibians, reptiles, mammals and birds, were analyzed. Trees were constructed with the entire sequences and with segments corresponding to the protein domains GM, RA, PH and EVH1 and the protein binding sites that comprise it. Phylogeny construction methods based on distance, Maximum Parsimony and Maximum Likelihood were used. In some species of fish, the RAPH1 gene (Ras association (RalGDS / AF-6) and pleckstrin 1 homology domains) is duplicated, with two similar, but not identical, forms. This analysis, which included the genes of five species, made it evident that the ten genes come together, by similarity, clearly in two groups, each of which includes five genes, one from each of the five species, which necessarily means that the duplication of the gene occurred before the speciation moments that separated the five species. The analysis also shows that the genes of species that have a single copy, among species fish, amphibian, reptile, birds and mammals, are all more closely related to only one of these two groups. This made it evident that the duplication of the RAPH1 gene occurred in an ancestor common to all analyzed species and not in an ancestor common to species that have two RAPH1 genes.