Estudo da expressão de LNCRNAS contendo sequências de elementos transponíveis em câncer

Abstract

Resumo: As células cancerosas frequentemente acumulam múltiplas mutações e anormalidades na expressão gênica, incluindo em longos RNAs não codificantes (lncRNAs). A maioria dos lncRNAs, entretanto, ainda é pouco explorada. Recentemente, foi proposto que os elementos transponíveis (TEs) podem atuar como domínios funcionais de lncRNA. Nesta hipótese, fragmentos de TE são cooptados para formar RIDLs (Repeat Insertion Domains of LncRNAs). Nós investigamos lncRNAs diferencialmente expressos em oito tipos de câncer em comparação com suas contrapartes não tumorais, usando dados do Atlas do Genoma do Câncer. Dentre eles, selecionamos lncRNAs contendo sequências de RIDLs (lncRNA-RIDLs). Encontramos 944 genes lncRNA-RIDLs expressos diferencialmente no câncer. Três lncRNA-RIDLs se destacaram em pelo menos sete tipos de câncer: SNHG3, MAGI2- AS3 e PVT1. Nos 20 genes mais diferencialmente expressos de lncRNA-RDILs, 44% foram associados ao tempo de sobrevivência em pelo menos um tipo de tumor; os relacionados à sobrevivência na maioria dos tipos de câncer foram CARMN, LINC00261, LINC00511 e MIR99AHG. Além disso, entre uma compilação de 122 lncRNAs com papéis causais no fenótipo do câncer, 19 (15,6%) tinham RIDLs. Nosso estudo contribui para a investigação dos genes lncRNA-RIDLs e indica novas possibilidades para a identificação de biomarcadores no câncer.

Abstract: Cancer cells often accumulate multiple mutations and gene expression abnormalities, including in long non-coding RNAs (lncRNAs). Most lncRNAs, however, are still underexplored. It has been recently proposed that transposable elements (TEs) can act as functional lncRNA domains. In this hypothesis, TE fragments are co-opted to form RIDLs (Repeat Insertion Domains of LncRNAs). We investigated lncRNAs differentially expressed in eight types of cancer compared to their non-tumoral counterparts, using data from The Cancer Genome Atlas. Among them, we selected lncRNAs containing sequences of RIDLs (lncRNA-RIDLs). We found 944 differentially expressed lncRNA-RIDLs genes in cancer. Three lncRNA-RIDLs stood out in at least seven types of cancer: SNHG3, MAGI2-AS3, and PVT1. In the top 20 most differentially expressed lncRNA-RDILs genes, 44% were associated with survival time in at least one tumor type; the ones related to survival in most cancer types were CARMN, LINC00261, LINC00511, and MIR99AHG. Additionally, among a compilation of 122 lncRNAs with causal roles in cancer phenotype, 19 (15.6%) had RIDLs. Our study contributes to the investigation of lncRNA-RIDLs genes and indicates new possibilities for the identification of biomarkers in cancer.