Reder Gallery : um portal para publicações de estudos de caso

Abstract

Resumo: Redes complexas se tornaram uma importante ferramenta no que se refere à análise e observação de uma grande quantidade de dados e como eles interagem entre si. Por vezes, essa mesma grande quantidade de dados acaba dificultando a análise e observação dessas redes geradas e, para simplificação da representação, o uso da hierarquia se torna uma importante abordagem. Ferramentas como o RedeR e RedeRWeb tomam proveito desta característica, a hierarquia, seja na representação de redes biológicas ou de redes representando outros tipos de informação. Motivado pelo surgimento recente da ferramenta RedeRWeb e suas características, assim como a ferramenta RedeR, suas características e consolidação na comunidade, este trabalho vem apresentar a RedeR Gallery, uma plataforma de publicação de estudos de caso e cursos, voltados para apredizagem e colaboração em pesquisas utilizando as ferramentas RedeR e RedeRWeb, visando a ampliação da comunidade de usuários do RedeR, pois diversas área podem, e tiram, proveito de estudos e análises de redes complexas. Ao final deste trabalho será apresentado um estudo caso analisando a rede de interação proteína-proteína do genoma da bactéria Escherichia coli, organizando a rede sob a ótica da hierarquia de termos do Gene Ontology. Esta organização permite uma ótica global do genoma do organismo, visualizando as interações entre os termos de acordo com os genes anotados no mesmo. E, por fim, todo o fluxo de trabalho do estudo de caso será publicado na RedeR Gallery. Palavras-chaves: Redes. Biologia de Sistemas. Hierarquia. Ontologia. Redes Biológicas. R. RedeR. RedeRWeb. RedeR Gallery. Bioinformática.

Abstract: Complex networks have become an important tool in analyzing and observing the large amount of data and how they interact with each other. Sometimes this same amount of data makes it difficult to analyze and observe these generated networks and, for simplification of representation, the use of hierarchy becomes an important approach. These tools, such as RedeR and RedeRWeb take advantage of this characteristic, the hierarchy, either in the representation of biological networks or networks representing other types of information. Motivated by the recent emergence of the RedeRWeb tool and its characteristics, as well as the RedeR tool, its characteristics and consolidation in the community, this work presents RedeR Gallery, a platform for publishing case studies and courses, focused on learning and collaboration in research using the RedR and RedeRWeb tools, with integration with them. At the end of this work, the case study will be presented, analyzing the protein-protein interaction network of the genome of the bacterium Escherichia coli, organizing the network from the point of view of the hierarchy of gene Gene Ontology and, finally, the entire workflow case study will be published in RedeR Gallery. Key-words: Networks. Biology of Systems. Hierarchy. Ontology. Biological Networks. R. RedeR. RedeRWeb. RedeR Gallery. Bioinformatics.