BAK4BIO framework - Brasilian Army Knife for bioinformatics

Abstract

Resumo:No desenvolvimento de software para a área de Bioinformática, pesquisadores consideram vários fatores para definir as tecnologias e metodologias utilizadas em um determinado projeto, não sendo raro encontrar soluções com finalidades iguais ou similares utilizando diferentes tecnologias. Com a proposta de fortalecer a comunidade de Bioinformática, o framework BAK4BIO - Brazilian Army Knife for Bioinformatics é um conjunto de ferramentas para a construção de aplicativos para a plataformaWeb e Mobile. É composto por uma série de subsistemas, os quais possibilitam ao usuário final buscar informações nos principais bancos de dados biológicos; iniciar e supervisionar processos de Bioinformática em ambiente computacional de alto desempenho - BAK4BIO Cluster; e gerenciar arquivos relacionados a entrada e saída de processos nas nuvens - BAK4BIO BOX. Tudo isto provendo a mobilidade necessária para seus usuários, ao permitir com que todos os processos sejam iniciados a partir de um aplicativo desenvolvido para Android - o BAK4BIO Droid. Existe também módulo BAK4BIO Server, responsável por centralizar o recebimento de requisições do módulo Droid e encaminhar para o destino correto, atuando como um proxy. Finalmente, o BAK4BIO Web, criado para interagir com as soluções do framework via Web. A carência de frameworks para o desenvolvimento de ferramentas em Bioinformática encontrada na literatura demonstra que, a existência do BAK4BIO contribui para a integração entre diferentes trabalhos científicos e o coloca em destaque por seu pioneirismo em âmbito nacional na área de mobilidade. Com destaque ao módulo BAK4BIO Droid, disponível na Google PlayStore e utilizado pela comunidade científica em vários países desde o seu lançamento. Palavras-chave: Framework; Dispositivos Móveis; Integração de sistemas; Acesso a bases biológicas; Ferramentas Biológicas. xiii

Abstract: Software development for Bioinformatics, researchers consider several factors to dene the technologies and methods used in a given project, it isn't uncommon nd solutions with similar purposes using diferent technologies. With the proposal to strengthen the Bioinformatic's community, the framework BAK4BIO - Brazilian Army Knife for Bioinformatics is a set of tools for building applications for the Web and Mobile platforms. It consists of a number of subsystems, which enable the user to retrieve information on major biological databases; initiate and supervise Bioinformatics processes in highperformance computing environment - BAK4BIO Cluster, and manage related to input and output processes in clouds - BAK4BIO BOX. All this providing the necessary mobility to users by allowing that all processes start from an application developed for Android - BAK4BIO Droid. There is also BAK4BIO Server module, responsible for centralizing the receipt of requests from the Droid module and forward to the correct destination, acting as a proxy. Finally, the Web BAK4BIO designed to interact with the framework via Web solutions The lack of frameworks for the development of Bioinformatics tools found in the literature shows that the existence of BAK4BIO contributes to the integration of dierent scientic studies and highlights in for his pioneering nationwide in the area of mobility. Highlighting the BAK4BIO Droid unit, available in Google PlayStore and used by the scientic community in several countries since its launch. Key-words: Framework, Mobile Devices, System's Integration, Access to biological bases; Biological Tools. xiv