Montagem e anotação parcial da sequência genômica da Bactéria Diazotrófica Azospirillum Brasilense FP2

Abstract

Resumo: Bactérias fixadoras de nitrogênio ou diazotróficas são organismos capazes de reduzir o dinitrogênio atmosférico em amônia, um processo chamado fixação biológica de nitrogênio que é catalisado pela enzima nitrogenase. Azospirillum brasilense é uma bactéria fixadora capaz de se associar a raízes de gramíneas como trigo e arroz, e promover o crescimento do vegetal e aumento de produtividade. Neste trabalho utilizamos 5.768.466 milhões de seqüência de nucleotídeos obtidas em seqüenciador Solexa/Illumina e 112.782.028 milhões de seqüências de nucleotídeos obtidas em seqüenciador SOLID que foram utilizadas para obter uma seqüência parcial do genoma da espécie Azospirillum brasilense estirpe FP2. Para a montagem foi utilizado o montador Velvet para os dados Solexa e um pacote de programas adaptados para a montagem SOLID. Para finalização e correção da montagem, as montagens parciais de cada um dos métodos de seqüenciamentos foram mescladas, resultando em preenchimento de falhas. Como resultado final obtivemos uma sequência com 6.931.925 pb (386 scaffolds e 57 contigs) com aproximadamente 103.630 pb não determinadas. A sequência foi ordenada e alinhada ao genoma de A. brasilense estirpe Sp245 que foi utilizada como sequência de referência. A anotação parcial da sequência permitiu identificar 6119 genes, entre estes os envolvidos no metabolismo do nitrogênio.