Bioinformática aplicada à unificação dos bancos de histocompatibilidade dos laboratórios de imunogenética do Hospital de Clínicas e Genética Molecular Humana da UFPR

Abstract

Resumo: O Laboratório de Imunogenética do Hospital das Clínicas (LIHC) da Universidade Federal do Paraná (UFPR) dispõe de um grande volume de dados de tipagens HLA de familiares de pacientes, que foram cadastrados em um banco com o objetivo de serem doadores de medula. Por esse motivo, é desejável que este banco de doadores teoricamente neutro e não viciado possa ser utilizado em estudos de genética de populações como banco de controle. O Laboratório de Genética Molecular Humana (LGMH) da UFPR possui um banco de dados de indivíduos do Paraná que é utilizado como controle. Este trabalho teve como propósito principal a unificação dos bancos de dados do LIHC com o banco de dados do LGMH, com o objetivo secundário de determinar se o banco do LIHC pode ser empregado como banco controle(grupo de indivíduos). Foram criadas páginas e scripts para unificação, classificação e limpeza dos dados. Foi utilizado banco de dados PostgreSQL e linguagem de programação PHP. Um perfil dos bancos foi traçado através do programa PyPop e Arlequin. Descobriu-se que o banco do LIHC pode ser usado como controle em virtude da análise realizada. Porém a análise demonstrou que houve diferença estatística somente para três especificidades distintas das 43 observada para a etnia branca e nenhuma para a etnia mulata. Este resultado foi obtido para o cálculo de frequências comparativas do genes HLA-DRB1 em comparativo com o banco controle do LGMH. Por fim, os scripts e páginas criados para separação e organização dos dados permitem a realização de pesquisas em tempo menor, bem como a garantia de dados padronizados no futuro.