• Login
    View Item 
    •   DSpace Home
    • BIBLIOTECA DIGITAL: Teses & Dissertações
    • 40001016066P4 Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
    • Dissertações
    • View Item
    •   DSpace Home
    • BIBLIOTECA DIGITAL: Teses & Dissertações
    • 40001016066P4 Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
    • Dissertações
    • View Item
    JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

    Re-anotação do genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1 com dados de transcriptoma por RNA_Seq

    Thumbnail
    View/Open
    R - D - HELBA CIRINO DE SOUZA BARBOSA.pdf (2.880Mb)
    Date
    2014
    Author
    Barbosa, Helba Cirino de Souza
    Metadata
    Show full item record
    Subject
    Dissertações
    Herbaspirillum seropedicae
    Ciencia da computação
    xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-type
    Dissertação
    Abstract
    Resumo: As plantas necessitam do Nitrogênio para sintetizar várias moléculas que são essenciais para sua sobrevivência, porém, não conseguem fixá-lo a partir do ar atmosférico. É neste contexto que entram em cena as bactérias diazotróficas, que interagem com as plantas e fixam o nitrogênio atmosférico convertendo-o a uma forma que pode ser assimilada pelas plantas, contribuindo para o crescimento vegetal. Tendo em vista a importância destas bactérias para o desenvolvimento da agricultura, em 2011, foi sequenciado o genoma completo da bactéria diazotrófica Herbaspirillum seropedicae SmR1 pelo Programa Genoma do Paraná (Genopar). Posteriormente, foram obtidos dados do transcriptoma desta bactéria crescida em diferentes condições ambientais: NFbHPN-Malato, NFbHPN-Malato-Naringenina, NFbHP-Malato-Nitrato, Planctônico-milho-1dia, Planctônico-milho-3dias, Aderido-milho- 1dia, Aderido-milho3dias, Planctônico- trigo, Aderido-trigo, NFbHPN-Malato-Alto Oxigênio, NFbHPN-Malato-Baixo Oxigênio. A análise dos transcriptomas com base nos dados de RNA-Seq permitiu a identificação de novos genes, a localização dos genes essenciais e de operons, bem como de ncRNAs. A identificação de novos genes permite a reanotação do genoma de H. seropedicae com base nos dados de RNA-Seq. Palavras-chaves: Herbaspirillum seropedicae, diazotrófica, transcriptoma, RNA-Seq.
     
    Abstract: Plants need nitrogen to synthesize various molecules that are essential for their survival, however, they can not fix it from atmospheric air. Diazotrophic bacteria, can fix atmospheric nitrogen by converting it to a form that can be assimilated by plants, contributing to plant growth. In 2011, the genome of the diazotrophic bacteria called Herbaspirillum seropedicae SMR1 was sequenced by Genome Program of Paraná (Genopar). Subsequently, we obtained data from the transcriptome of this bacterium under different environmental conditions: NFbHPN-Malate, NFbHPN-Malate-Naringenin, NFbHP-Malate-Nitrate, Planktonic–maize-1day, Planktonic-maize-3 days, maize root attached 1 day-, maize root attached 3 days, Planktonic-wheat, wheat root attached, NFbHPN-Malate-High Oxygen, NFbHPN-Malate-Low Oxigen. The analysis of the transcriptome data based on RNA Seq allowed the identification of new genes, the location of the essential genes and operons, as well as non-coding RNA.The identification of new genes permit the reanotation of the H. seropedicae genome of based on RNA - Seq data. Keywords: Herbaspirillum seropedicae, diazotrophic, transcriptome, RNA - Seq.
     
    URI
    http://hdl.handle.net/1884/35788
    Collections
    • Dissertações [63]

    DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
    Contact Us | Send Feedback
    Theme by 
    Atmire NV
     

     

    Browse

    All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsxmlui.ArtifactBrowser.Navigation.browse_typeThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsxmlui.ArtifactBrowser.Navigation.browse_type

    My Account

    LoginRegister

    Statistics

    View Usage Statistics

    DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
    Contact Us | Send Feedback
    Theme by 
    Atmire NV