Escalonamento de tarefas no fechamento de lacunas em plataformas de sequenciamento genético de nova geração

Abstract

Resumo: Este trabalho propõe um escalonador de tarefas para controlar a demanda de envio de lacunas de genoma para o processamento obtidas pelo processo, considerando os recursos computacionais disponíveis. O objetivo do escalonador é evitar que sejam solicitados mais recursos computacionais do que os que podem ser fornecidos, pois nesse caso, o sistema sofre degradação de desempenho e causa atraso no tempo de processamento da tarefa. A motivação para este trabalho é a melhoria na eficiência da execução do fechamento de lacunas no sequenciamento de genomas. Para a avaliação da proposta, foi implementado um escalonador de lacunas com políticas de escalonamento baseadas no monitoramento dos recursos computacionais. Desta forma, utilizando o escalonador, a melhoria de desempenho na execução das lacunas foi de 56% no tempo de processamento com a implementação do escalonador e depois de 70% diferenciando o uso ou nao do paralelismo, comparando com o uso da solução original, resultado do uso mais eficiente dos recursos disponíveis.