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dc.contributor.authorSouza, Vanelypt_BR
dc.contributor.otherRaittz, Roberto Tadeupt_BR
dc.contributor.otherChubatsu, Leda Satiept_BR
dc.contributor.otherUniversidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformáticapt_BR
dc.date.accessioned2012-09-11T11:41:56Z
dc.date.available2012-09-11T11:41:56Z
dc.date.issued2012-09-11
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/1884/27829
dc.description.abstractResumo: O gênero Herbaspirillum foi descrito em 1986 e hoje é composto por 11 espécies, dentre elas a bactéria Herbaspirillum huttiense subsp. putei, isolada no Japão a partir de amostras de água de poço. Neste projeto obtemos uma seqüência parcial do genoma desta bactéria, com base em leituras curtas de dois seqüenciamentos SOLID, que juntos somam cerca de 205 milhões de leituras seqüenciadas. Como resultado da montagem de novo do primeiro conjunto de dados, obtivemos um total de 447 scaffolds e 2316 contigs que foram ordenados utilizando o programa jContigsort e representados num gráfico de dot plot. Os genomas de Herbaspirillum seropedicae e Herbaspirillum rubrisubalbicans foram usados como referência para os alinhamentos e ordenações. O fechamento de gaps foi inicialmente manual, baseado nessa atividade foram desenvolvidas funções em MATLAB para automatizar e facilitar esse processo. Os dados utilizados para o fechamento dos gaps foram obtidos através da montagem do segundo conjunto de dados gerados pelo sequenciamento SOLID e das montagens de suas duas tags separadamente. Depois das análises realizadas chegamos a um conjunto final com 37 scaffolds, que podem ser reduzidos a 33 se forem considerados os indícios de ligação presentes nas seqüências. O genoma da bactéria ficou com tamanho de aproximado a 5,7 Mb com conteúdo G+C de 62,3%. A partir do draft do genoma gerado, foi feita uma préanotação automática encontrando 5547 orfs utilizando o programa RAST e 6084 utilizando o HGF.pt_BR
dc.format.mimetypeapplication/pdfpt_BR
dc.languagePortuguêspt_BR
dc.subjectTesespt_BR
dc.subjectMontagem genômicapt_BR
dc.subjectSeqüencia de nucleotidiospt_BR
dc.subjectBioinformáticapt_BR
dc.subjectHerbaspirillumpt_BR
dc.titleMontagem do draft do genoma da bactéria Herbaspirillum Huttiense Subsp.Puteipt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR


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