Determinação do genotipo e subtipo do virus da hepatite C atraves de microarranjo liquido

Abstract

A infecção pelo vírus da hepatite C acomete cerca de 3% da população mundial e a prevalência no Brasil está próxima deste valor. Seu impacto social é enorme, tanto na morbidade e mortalidade, quanto nos custos que seu tratamento demanda. O tratamento baseado no uso de interferon é efetivo em uma fração dos casos. Uma vez que a determinação do genótipo do HCV é fundamental para a condução do tratamento, métodos diagnósticos com esta finalidade fazem-se necessários. Este trabalho publica pela primeira vez na literatura, ao menos pelo conhecimento do autor, a utilização da metodologia de microarranjo líquido na determinação do genótipo e subtipo do HCV. Na avaliação de oitenta amostras positivas para a presença do HCV, o ensaio foi capaz de determinar o genótipo em setenta e seis (76/80, sensibilidade de 95%). A avaliação de sua concordância com outros métodos: seqüenciamento da região NS5b , Versant HCV genotype 1.0 e RT-PCR "in house",foi realizada. A concordância em relação à determinação do genótipo foi total em relação aos demais métodos, sendo o de seqüenciamento o padrão ouro. A determinação do subtipo foi possível em cinqüenta e duas amostras com genótipos determinados (52/76, 68%). Uma vez que para o tratamento da hepatite somente a determinação do genótipo, e não do subtipo é necessária, conclui-se que o teste baseado em microarranjo pode ser utilizado para esta finalidade; sendo sensível, específico, de alto rendimento e de relação custo benefício favorável.

Worldwide 3% of the population is infected by hepatitis C virus, and a number next to this is believed do occur in Brazil as well. Its social impact is huge, when morbidity and mortality are considered, also treatment associated costs. Interferon based treatment is favorable in a fraction of cases. Since it was established the importance of HCV genotyping regarding treatment, diagnostics methods are in high demand. The present work is the first to publish on liquid microarray utilization for HCV genotyping, at least to the author knowledge. Eighty positive samples for HCV presence evaluated showed seventy six to have their genotypes determined by the microarray test (76/80, sensitivity of 95%). Agreement evaluation with other methods: NS5b sequencing, Versant HCV genotype 1.0 and RT-PCR "in house" was performed. When genotyping is considered, total agreement was found compared to the other methods; sequencing being considered the "gold standard" . Subtyping determination was possible in fifty two of those genotyped (52/76, 68%). Once considered that only genotyping matters to treatment decision, and not subtyping, it is concluded that microarray can be utilized to this goal; find to be sensitive, specific, of high throughput and cost effective.