Web GAAT : a web tool for genome analysis and annotation

Abstract

Resumo: A grande quantidade de dados genômicos, obtidos através de sequenciadores automáticos de DNA de nova geração, os NGS, tem possibilitado o estudo de genomas em níveis inéditos. Embora existam diferentes programas de computador direcionados às diversas tarefas relacionadas ao estudo destes dados, o complexo processo de análise e anotação de genomas frente ao variado volume de informação tem sido um fator limitante em inúmeros casos. Não só os programas de computador utilizados precisam oferecer um processamento eficiente como precisam também ser intuitivos e de fácil utilização. Neste aspecto, a Visualização da Informação (VI), a qual se apoia nos limites da visão e percepção humana, para desenvolver métodos computacionais eficazes para interação e compreensão de dados em grande escala, se mostra como um diferencial para obtenção de melhores resultados. Após analisar as diferentes ferramentas disponíveis, suas interfaces, utilização e resultados gerados, este trabalho apresenta o desenvolvimento do Web GAAT, uma plataforma que tem como objetivo reunir os principais programas utilizados para análise e anotação de genomas em uma interface única, que faz uso de recursos de VI, possibilitando a fácil visualização e interação com genomas de procariotos, em projetos individuais ou colaborativos. Palavras-chave: Visualização de genomas. Anotação de genomas. Visualização da informação.

Abstract: The large amount of genomic data obtained through next-generation sequencing, the NGS, has allowed the study of genomes in unprecedented levels. Although there are many computer programs targeted to the various tasks related to the study of these data, the complex process of genome analysis and annotation facing the vast amount of information has been a limiting factor in many cases. Computer programs not only must offer efficient processing but must also be intuitive and easy to use. In this aspect, the Information Visualization (VI), which rests within the limits of human perception and vision to develop effective computational methods for interaction and understanding of large-scale data, can possibly be a differentiator for obtaining better results. By analyzing the different tools available, their interfaces, use and outputs, this paper presents the development of Web GAAT, a platform that aims to bring together the main programs used in genome analysis and annotation. Under a single interface, based on VI technics, the platform provides easy visualization and interaction with prokaryotic genomes, in individual or collaborative projects. Keywords: Genome visualization. Genome annotation. Information visualization.