Identificação do sítio de ligação ao DNA da proteína NtrX de Herbaspirillum seropedicae

Abstract

Resumo : Herbaspirillum seropedicae é uma bactéria fixadora de nitrogênio endofítica, membro da classe ß-Proteobacteria. Recentemente, duas novas proteínas do sistema Ntr foram identificadas neste microrganismo: NtrX e NtrY, as quais são membros da família do sistema de dois componentes. NtrY é uma histidina quinase que fosforila o seu par regulador NtrX em resposta a um sinal metabólico. A proteína NtrX de H. seropedicae apresenta 27,1 kDa e contém dois domínios principais: o regulador de resposta, que recebe o sinal de NtrY, e o que contém o motivo hélice-volta-hélice associado com ligação ao DNA, mas não apresenta o domínio de interação com o fator s 54 (AAA), comum em proteínas homólogas de outros organismos. NtrX ativa a transcrição de genes envolvidos com o metabolismo de nitrato, mas o mecanismo de ativação e sítio de interação ao DNA não são conhecidos. Ensaios de footprinting com DNAse I utilizando fragmentos de DNA contendo a região promotora do operon narXL marcada com fluoróforos revelaram que a região entre 100 a 180 pares de base da origem de tradução de narX foi protegida pela proteína NtrX. Além disso, algumas bandas desta região foram hiper-reativas sugerindo uma distorção do DNA e maior exposição à digestão por DNAse. Ensaios de footprinting com DNAse I utilizando a região promotora de narXL marcada com 32P confirmaram os resultados anteriores. Ensaios de retardamento de banda em gel mostraram que a região promotora do operon narXL apresenta um sítio de ligação ao fator s70 .