Pesquisa das mutações em amplificações em cortes de parafina de pacientes com neoplasia trofoblástica gestacional através do método NGS

Abstract

Resumo: As Neoplasias Trofoblásticas Gestacionais (NTGs) compreendem um grupo heterogêneo de doenças raras, sendo que sua característica fundamental é a proliferação atípica do epitélio trofoblástico placentário. Em estudos anteriores estudou-se da expressão do ERBB2 em molas Hidatiforme através de processos imuno-histoquímicos, entretanto os resultados podem ser significativamente afetados por questões técnicas, especialmente em tecidos fixados em parafina, pela subjetividade na interpretação. As tecnologias para sequenciamento de DNA melhoraram muito, aumentando a velocidade na realização do exame, redução no custo e confiabilidade. Método: O sequenciamento Next-Generation Sequencing (NGS) foi realizado na plataforma Gene Reader (QIAGEN) para regiões e variantes de interesse clínico dos genes AKT1, ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ESR1, ERBB2, FGFR1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, PTEN, PDGFRA, PIK3CA, ROS1, RICTOR. Também foram analisadas CNVs (Alteração do número de cópias) dos genes EGFR, ERBB2, MET, FGFR1 e RICTOR.Para análise de dados foi utilizado o software Clinical Insight Analyze (QCI-A). Resultado: Foram analisadas 15 amostras provenientes de NTGs as quais foram identificadas CNVs nos genes ERBB2 (93%), FGFR1 (53%), RICTOR (26%) e EGFR (46%). Também foi identificada mutações patogênicas nos ERBB2, EGFR, FGFR1, ALK, NRAS, KRAS, MAP2k1, MET, PDGFRA, AKT, KIT, PIK3CA e ROS1, entretanto com maior frequência no EGFR, ERBB2 e FGFR1. Conclusão: A alteração do número de cópias CNVs nos genes ERBB2, EGFR, FGFR1 e RICTOR e mutações nos genes EGFR, ERBB2 e FGFR1 são características genotípicas envolvidas na patogênese das NTGs. A alta frequência de CNVs no gene ERBB2 pode ser indicado como marcador de drogas alvo. Palavras-chave: Doença Trrofoblástica Gestacional. NGS. mutações.

Abstract: Gestational Trophoblastic Neoplasms (GTNs) comprise a heterogeneous group of rare diseases, and their fundamental characteristic is presenting an atypical proliferation of the placental trophoblastic epithelium. Although ERBB2 expression has been previously studied in hydatidiform moles using immunohistochemistry, those results may be significantly affected by technical issues, especially in paraffinembedded tissues and subjectivity interpretation. New DNA sequencing technologies have dramatically improved for sequencing the entire genome, increasing test speed, reducing cost and reliability. Methods: Using NGS Qiagen reader for DNA sequencing, we evaluate the frequency of gene mutations and amplifications using a gene panel: ERBB2, AKT1, ALK, BRAF, DDR2, EGFR, ESR1, FGFR1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, PTEN, PDGFRA, PIK3CA, ROS1 and RICTOR in paraffin embedded GTNs. Results: Amplifications were found: ERBB2, EGFR, FGFR1 and RICTOR, mutations labeled as pathogenic were found in ERBB2, EGFR,FGFR1, ALK, NRAS, KRAS, MAP2k1, MET, PDGFRA, AKT, KIT, PIK3CA and ROS1, but higher number in EGFR, ERBB2 and FGFR1. Conclusion: Amplification and mutations of the ERBB2, EGFR, FGFR1 and RICTOR genes are highly expressed in the NTGs as part of their pathogenesis and supporting markers as a basis to a targeted drug therapy. Keywords: Gestational Trophoblastic Neoplasms, NGS, mutations.