Sistema para gerenciamento de projetos de sequenciamento de fungos

Abstract

Apesar dos fungos serem extremamente importantes na decomposição da matéria orgânica e no ciclo dos nutrientes, eles estão envolvidos em várias doenças que acometem seres humanos, por isso é de grande importância o estudo do organismo dos fungos realizado pelo PPG-BIOINFO, que tem como objetivo o sequenciamento genético de fungos patogênicos para melhor compreensão das causas da patogenicidade e possíveis curas. Arquivos GBK, GFF e Fasta podem guardar as mais diversas informações genéticas de um organismo, sendo amplamente utilizados na Bioinformática, porém, cada formato de arquivo as armazena de forma diferente. Este trabalho apresenta um sistema web capaz de armazenar e converter os arquivos do formato GBK para os formatos Fasta, assim como disponibiliza-los para download. O formato GBK é de propriedade do NCBI GenBank (NCBI, 2016), um dos mais utilizados bancos de dados primários, e que tem centralizado boa parte das informações obtidas pelos processos de sequenciamento de DNA e/ou RNA de fungos patogênicos, separando em arquivos únicos e formato específico cada organismo, cromossomo ou plasmídeo completamente sequenciado com seus genomas e anotações. Por isso também a preferência por trabalhar nesse arquivo como fonte primária de disponibilização e armazenamento. O sistema também funcionará como uma plataforma de trabalho, facilitando o armazenamento e visualização de arquivos genéticos e possibilitando que o andamento dos projetos seja facilmente consultado, arquivos disponibilizados e usuários gerenciados de acordo com uma hierarquia estabelecida.