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Avaliação quantitativa de sistemas preditores de função de proteinas
(2013-05-21)Resumo: Este trabalho propõe aprofundar as avaliações dos sistemas preditores de função de proteína que utilizam como dado de entrada a sequência de uma proteína, podendo na sua conclusão determinar qual a melhor estratégia ... -
BioSom
(2013-09-11)Resumo: Genes e proteínas são de grande importância biológica para a compreensão de processos bioquímicos e requerem nomes consistentes. Existem diversas diretrizes para nomenclatura de genes, mas elas não são rigorosamente ... -
Segmentação e análise de imagens digitais de metáfases cromossômicas em bandeamento G
(2013-11-19)Resumo: A possibilidade de auxiliar diagnósticos genéticos, como na identificação de anomalias, com resultados em curto espaço de tempo, agiliza e direciona condutas de tratamento. O desenvolvimento do sistema semiautomático ... -
Desenvolvimento da ferramenta para finalização de montagens de genomas in silico - FGAP
(2014)Resumo: A finalização é a etapa que consome mais tempo e demanda maior esforço em projetos de determinação de sequências genômicas. Diversos métodos computacionais (in silico) foram propostos com o objetivo de resolver ... -
Procura in sílico por genes de tripanosomatídeos com possível função regulatória do sistema complemento humano
(2014)Resumo: O Trypanosoma cruzi e o agente causador da doença de Chagas e possui um ciclo de vida complexo que alterna entre hospedeiros invertebrados e vertebrados. O ciclo do T. cruzi no hospedeiro vertebrado inicia-se na ... -
Re-anotação do genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1 com dados de transcriptoma por RNA_Seq
(2014)Resumo: As plantas necessitam do Nitrogênio para sintetizar várias moléculas que são essenciais para sua sobrevivência, porém, não conseguem fixá-lo a partir do ar atmosférico. É neste contexto que entram em cena as bactérias ... -
Identificação e análise de promotores Sigma 70 no genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1 utilizando métodos de inteligência artificial
(2014)Resumo:Sigma 70 ou sigma N constituem fatores complementares da RNA-polimerase, cuja principal função é promover a transcrição de genes procarióticos. No caso de Escherichia coli, o consenso da região -35 (TTGACA) e -10 ... -
Montagem, anotação e comparação do genoma parcial da bactéria Azoarcus olearius DQS4
(2015)Resumo: Existem na natureza bactérias capazes de transformar o nitrogênio existente no ar em amônia, um processo denominado Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN), e transferi-lá para plantas nessa forma a qual consigam ... -
Metodologia computacional para estudo de genes com vizinhaça conectada : análise do cluster nif
(2015)Resumo: A atividade da nitrogenase é vital para a manutenção da vida terrestre e fonte de conhecimento para diversos campos científicos. Mineração de dados é uma técnica que quando bem executada possuí poder natural poder ... -
Identificação de homólogos e análise de vizinhança dos genes draTG envolvidos na regulação da fixação biológica de nitrogênio
(2015)Resumo: Nitrogenase é a enzima responsável pelo processo de Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN), no qual o gás dinitrogênio é reduzido para amônia por microorganismos. Em algumas bactérias fixadoras de nitrogênio, como ... -
Montagem e anotação do genoma da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M4
(2016)Resumo: Herbaspirillum rubrisubalbicans M4 é uma bactéria endofítica diazotrófica que provoca a doença da estria mosqueada em algumas variedades de cana-de-açúcar e sorgo. No presente estudo, um total de 4.101.514 reads ... -
Consolidação e validação da ferramenta Rapid Alignment Free Tool for Sequences Similarity Search to Groups (RAFTS3GROUPS) : um software rápido de clusterização para big data e buscador consistente de proteínas ortólogas
(2016)Resumo: Uma das principais análises envolvendo sequências biológicas, imprescindíveis e complexas, é a análise de homologia. A necessidade de desenvolver técnicas e ferramentas computacionais que consigam predizer com mais ... -
Sila Eukaryotic : ferramenta para anotação automática de genes eucariotos
(2016)Resumo: A marcação e anotação de genomas são processos essenciais e fundamentais presentes na Bioinformática, necessários para a análise de sequências de DNA. Geralmente essas atividades exigem muito tempo de processamento ... -
Análise da expressão gênica em um modelo de rede de estabilidade genômica em câncer colorretal e doenças associadas
(2016)Resumo: A perda da estabilidade genômica aliada a degradação das estruturas gênicas é um dos vários aspectos importantes na evolução do câncer. Os mecanismos celulares de manutenção e estabilidade do genoma são responsáveis ... -
Sequenciamento e análise do genoma de derxia lacustris HL 12
(2016)Resumo: As rizobactérias são bactérias de vida livre que habitam as raízes das plantas, desenvolvem uma relação de simbiose e geram benefícios aos organismos vegetais. A existência desses organismos é de grande importância ... -
JMSA : Java Mass Spectrometry Analyzer: ferramenta para gerenciamento e análise de banco de espectros de massa para identificação de microrganismos
(2017)Resumo: A utilização da espectrometria de massa MALDI-TOF permite a identificação de microrganismos através da geração de espectros de massa, representando um perfil característico de sinais obtidos a partir de peptídeos ... -
Análise comparativa das ferramentas de predição de ilhas genômicas
(2017)Resumo: Ilhas genômicas são segmentos de DNA em organismos procariotos, que apresentam características que diferem das demais regiões do genoma. As principais características são: conteúdo GC% distinto do genoma; presença ... -
RedeR Web : uma plataforma web para organização e análise de redes modulares
(2017)Resumo: A visualização de grafos ou redes tem como principal objetivo auxiliar o processo de análise e compreensão de conjuntos de dados complexos, proporcionando perspectivas diferenciadas da mesma informação, potencializando ... -
Representações vetoriais de proteomas : um estudo de caso com sequências mitocondriais
(2017)Resumo: Grande parte dos estudos evolutivos para inferir ancestralidade são conduzidos utilizando apenas alguns genes mitocondriais. Filogenias baseadas em um único gene podem não conter informações suficientes para construir ... -
RNAs não codificadores regulatórios em bactérias do gênero Aeromonas
(2017)Resumo: Bactérias do gênero Aeromonas são Gram-negativas com forma de bastonetes e que não formam esporos. São anaeróbias facultativas e quimiorganotróficas. Desde 1992 formam a nova família Aeromonadaceae, ordem Aeromonadales, ...