• Login
    View Item 
    •   DSpace Home
    • BIBLIOTECA DIGITAL: Teses & Dissertações
    • 40001016066P4 Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
    • Dissertações
    • View Item
    •   DSpace Home
    • BIBLIOTECA DIGITAL: Teses & Dissertações
    • 40001016066P4 Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
    • Dissertações
    • View Item
    JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

    SILA

    Thumbnail
    View/Open
    R - D - RICARDO ASSUNCAO VIALLE.pdf (2.063Mb)
    Date
    2013
    Author
    Vialle, Ricardo Assunção
    Metadata
    Show full item record
    Subject
    Genoma humano
    Bioinformática
    xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-type
    Dissertação
    Abstract
    Resumo: Na Bioinformática, a comparação de sequências é uma tarefa essencial para diversas atividades e é onde geralmente se tem o maior custo computacional. A anotação de genomas é uma atividade que envolve tarefas distintas, dentre elas a comparação de sequências contra grandes bancos de dados. Este trabalho apresenta um sistema para anotação automática de genomas de procariotos chamado SILA e uma nova abordagem independente de alinhamento para busca e comparação de sequências de proteínas chamado Rapid Alignment Free Tool for Sequences Similarity Search (RAFTS3). O SILA combina duas ferramentas para realizar a predições de genes. Os genes preditos são comparados com três bancos de sequências de proteínas (NR, Pfam e COG) utilizando o RAFTS3 para buscar informações que possam inferir, através da semelhança de sequências, as funções dos genes. Os testes realizados mostraram que o RAFTS3 obteve resultados comparáveis ao BLASTp com desempenho até 500 vezes superior em buscas por sequências com alta similaridade contra grandes bancos. O SILA apresenta resultados de anotação comparáveis ao estado da arte com altas taxas de acerto na predição e identificação dos genes. O serviço de anotação está disponível em ambiente Web.
    URI
    http://hdl.handle.net/1884/34801
    Collections
    • Dissertações [63]

    DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
    Contact Us | Send Feedback
    Theme by 
    Atmire NV
     

     

    Browse

    All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsxmlui.ArtifactBrowser.Navigation.browse_typeThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsxmlui.ArtifactBrowser.Navigation.browse_type

    My Account

    LoginRegister

    Statistics

    View Usage Statistics

    DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
    Contact Us | Send Feedback
    Theme by 
    Atmire NV