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    Montagem e análise preliminar do genoma de Bradyrhizobium elkanii 587 utilizando leituras de sequências de DNA curtas

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    Dissertacao_Tieppo_Final.pdf (2.639Mb)
    Date
    2012-10-10
    Author
    Tieppo, Eduardo
    Metadata
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    Subject
    Teses
    Genômica
    Nitrogenio - Fixação
    DNA
    Mapeamento genetico
    Bradyrhizobium
    Bioinformática
    xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-type
    Dissertação
    Abstract
    Resumo: A fixação biológica de nitrogênio é um processo essencial para a vida na Terra e é realizada apenas por procariotos. Entre os fixadores de nitrogênio, as bactérias da ordem Rhizobiales são capazes de formar simbiose com leguminosas utilizadas na alimentação humana e animal, como soja e feijão. Nesta associação, a bactéria sofre diferenciação para uma forma bacterióide e ocupa um órgão específico, chamado de nódulo, onde ocorre a fixação de nitrogênio fornecendo os nutrientes necessários à planta. Em termos econômicos, associação de soja e Bradyrhizobium é a mais importante deste tipo de simbiose, representando uma economia estimada para os agricultores brasileiros de cerca de 1,7 bilhão de dólares por ano. Neste estudo, foi obtida a sequência preliminar do genoma de Bradyrhizobium elkanii estirpe 587, utilizada como inoculante para soja no Brasil. Cerca de 6 milhões de leituras Illumina-Solexa, representando uma profundidade de cobertura entre 28x e 32x, foram montadas usando o montador Velvet. Além disso, aproximadamente 40 mil leituras Sanger (profundidade de cobertura entre 4x e 5x) foram montadas com o montador Phrap. Os scaffolds produzidos pelo montador Velvet foram alinhados utilizando o programa MUMmer e o genoma de Bradyrhizobium japonicum USDA 110 como referência. Finalmente, as falhas foram fechadas manualmente utilizando Consed. Palavras-
    URI
    http://hdl.handle.net/1884/25639
    Collections
    • Dissertações [61]

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