Proposta de uma estratégia para investigação molecular em pacientes brasileiros com Anemia de Fanconi

Abstract

Resumo: Anemia de Fanconi (AF) é uma doença autossômica recessiva e, em raros casos, ligada ao X, com grande heterogeneidade genética resultante de diferentes mutações em genes cujos produtos estão envolvidos nas vias de reparo do DNA, sendo que 16 subtipos genéticos já foram identificados. A variabilidade fenotípica desta doença dificulta o diagnóstico clínico, sendo necessários testes laboratoriais para sua confirmação. A possível influência do genótipo AF nas manifestações clínicas, como falência progressiva da medula óssea, leucemias e câncer, pode ser melhor definida se a mutação dentro de um subtipo genético for identificada. A pesquisa de mutações é complexa em função do número de genes associados e da variedade de alterações deletérias e não deletérias em cada gene. Os objetivos deste estudo foram identificar o subtipo genético dos pacientes brasileiros com AF, desenvolver uma estratégia de diagnóstico molecular aplicável à rotina clínica e correlacionar os genótipos encontrados com os fenótipos observados. Foram incluídos 255 pacientes AF, atendidos no ambulatório de Anemia de Fanconi do HC/UFPR, entre 1995 e 2012. Foi desenvolvido um teste de triagem para a identificação de 11 mutações frequentes nos genes FANCA, FANCC e FANCG dos pacientes AF brasileiros. Nos casos identificados somente em heterozigose a segunda mutação envolvida foi investigada pela técnica de MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) e (ou) sequenciamento do DNA. Utilizando o teste de triagem proposto foi possível identificar alterações em 128 dos 255 pacientes (50,2%). Foram encontradas mutações no FANCA em 89/255 pacientes, no FANCC em 11/255 e no FANCG em 28/255. Em 71/128 pacientes foram encontradas mutações em homozigose e em 57/128 em heterozigose composta. Em quatro destes 57 a segunda mutação foi identificada ainda na triagem, em 51/57 foi necessário utilizar o MLPA e sequenciamento, e em dois pacientes não foi identificada a segunda mutação. Um total de 52 mutações diferentes foi encontrado, sendo 22 novas alterações ainda não descritas na literatura. O método proposto foi eficiente, pois permitiu a subtipificação genética de 126/255 (49,4%) pacientes. O uso desta estratégia possibilitou diminuir em 29,4% a necessidade do sequenciamento, além de dirigi-lo para um único gene em 20,0% dos casos heterozigotos. A redução do custo e do tempo torna viável a pesquisa de mutações como ferramenta para diagnóstico molecular da AF entre brasileiros. A análise da associação das mutações c.3788-3790delTCT e c.1077-2A>G com o fenótipo e às manifestações clínicas se restringiu aos dados disponíveis, porém foi limitada pelas dificuldades inerentes ao conteúdo dos prontuários. O uso desta estratégia de tipificação molecular em um maior número de pacientes permitirá a investigação mais ampla do efeito destas mutações na evolução clínica da AF. Palavras-chave: Anemia de Fanconi. Mutação-genética. Genes AF.

Abstract: Fanconi Anemia (FA) is an autosomal recessive or X-linked disease, with wide genetic heterogeneity resulting from different mutations in genes which products are involved in DNA repair pathways and 16 genetic subtypes have been identified. The phenotypic variability makes clinical diagnosis difficult and laboratory tests are necessary for confirmation. The possible influence of genotype in clinical manifestations such as progressive bone marrow failure, leukemia and cancer may be better understood if the mutations within a genetic subtype are identified. The mutation's investigation is complex due to the number of associated genes and the variety of deleterious and non-deleterious mutations in each gene. The aims of this study were to identify genetic subtypes of Brazilian patients with FA, to develop a strategy for molecular diagnosis applicable to clinical routine, and to correlate genotypes with phenotypes. 255 patients from Fanconi Anemia Outpatient Clinic of HC/UFPR, from 1995 to 2012 were included. The initial strategy was a screening test which included eleven frequent mutations in FA Brazilian patients. In the heterozygous cases the second mutation was investigated by MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification), and/or DNA sequencing. Using the proposed screening test, mutations were identified in 128 out of 255 patients (50.2%). FANCA mutations were found in 89/255 patients, FANCC in 11/255 patients and FANCG in 28/255 patients. 71/128 patients showed homozygous mutations and 57/128 were found in heterozygosis. In four out of 57 heterozygous the second mutation was identified in the screening test, in 51/57 MLPA and sequencing were required. In two patients the second mutation involved was not identified. A total of 52 different mutations were found, 22 of them are new mutations not previously described. The proposed method was effective because it allowed the genetic subtyping of 126/255 (49.4%) patients. Using this strategy a 29.4% decrease in sequencing demand was observed as well as sequencing was driven to a single gene in 20.0% when heterozygous. Cost and time reduction makes it feasible to search for mutations as a tool for molecular diagnosis of FA Brazilian patients. Analysis of association of the mutations c.3788_3790delTCT and c.1077-2A> G with the phenotype and the clinical manifestations was restricted to the available data, but limited by the difficulties relative to the content of the medical records. The use of this molecular typing strategy in a larger number of patients will allow more extensive investigation of the effect of these mutations in the clinical evolution of FA. Keywords: Fanconi Anemia. Genetic Mutation. FA genes.